A cirurgia percutânea é reservada para os cálculos grandes, maiores do que 25mm e cálculos coraliformes, que são infecciosos, volumosos e na maioria das vezes, são silenciosos, isto é, não causam dor. Realizada no centro cirúrgico sob anestesia geral, o procedimento começa com uma pequena incisão (2,0cm) na região lombar. O rim é puncionado com uma agulha e é estabelecido um trajeto, um pertuito,  no qual é colocado um pequeno tubo (Amplatz), que comunica a parte interna do rim com a pele. Através desse caminho, sob visão direta endoscópica, o cálculo é fragmentado com uma broca ultrassônica e os fragmentos são aspirados e/ou retirados com pinça extratora.